Le bon état écologique d’un cours d’eau est déterminé, entre autres, par sa qualité hydromorphologique (la qualité de ses berges, la continuité aquatique). Pour rétablir la morphologie altérée d’un cours d’eau, plusieurs types de travaux peuvent être entrepris : des travaux de renaturation – plutôt structurels, mobilisant des moyens techniques et financiers importants (la réouverture d’une portion de cours d’eau busée, le reméandrage, la remise d’un cours d’eau dans son lit naturel) ; des travaux de restauration – plutôt légers, visant la diversification des habitats et le rétablissement de la fonctionnalité d’un cours d’eau (la restauration de berges en technique végétale ou par enrochements, la reconstitution de la ripisylve, la reconnexion du lit mineur au lit majeur) ; des travaux pour rétablir la continuité écologique – garantissant la libre circulation des espèces aquatiques et le transport naturel de sédiments (abaissement ou effacement d’un ouvrage, aménagement de dispositifs de franchissement pour les espèces).
En matière de gestion des cours d’eau de nombreux acteurs sont à l’œuvre. L’État est responsable de la réglementation et de la transposition en droit français des directives européennes. Au sein de chaque bassin un préfet, appuyé par les préfets de département, anime la politique de l’État. Il approuve aussi les SDAGE élaborés par les comités de bassin. Ces derniers sont quant à eux chargés de définir la stratégie en faveur de la protection de l’eau et des milieux aquatiques. Les Agences de l’eau (6 en métropole et 5 en outre-mer) octroient des prêts et des subventions pour la mise en œuvre des actions d’entretien et de restauration. Enfin, les collectivités territoriales sont les donneurs d’ordre en matière de travaux.
S’agissant des moyens financiers, les acteurs souhaitant entreprendre des travaux ont à leur disposition plusieurs possibilités de financement. Les Agences de l’eau accordent de subventions, à travers des redevances en provenance des usagers de l’eau. Le montant de soutien financier est variable selon le type d’intervention. Entre 2013 et 2018, les Agences de l’eau ont investi plus de 300 M€ dans des actions de restauration des cours d’eau, soit en moyenne 50 M€/an. Sur la période 2019 – 2024, le budget prévu a plus que doublé. Il s’élève à 743 M€ sur la période, soit 120 M€ annuellement. Par ailleurs, il existe aussi des dispositifs fiscaux, tels que la taxe GEMAPI (pour la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations), mais aussi des fonds dédiés au financement des actions en faveur de la protection et la préservation de ces milieux comme le fonds de prévention des risques naturels majeurs (FPRNM) – anciennement fonds Barnier – ainsi que le Fonds Vert récemment annoncé.
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